Bila mengacu pada sebuah pendapat tentang elemen dasar pesantren salaf Pondok Pesantren Edi Mancoro termasuk tipe pesantren salafiyah semi modern. Elemen itu adalah kyai atau guru yang mengajar, asrama sebagai tempat pemondokan santri, disamping santri sebagai peserta didik, kitab kuning sebagai kurikulum pendidikannya, Masjid sebagai sarana pengajian, dan peribadatan Santri.sebaliknya mereka sangat akrab dengan kebiasaan-kebiasaan buruk yang berkembang di masyarakat. Hal inilah yang mendorong tokoh setempat untuk mendirikan pondok pesantren sebagai lembaga pendidikan keagamaan (tafaqutifi ad-din) sebagai peredam yang bisa mengendalikan kebiasaan-kebiasaan buruk masyara
Di bawah prakarsa Bapak KH. Sholeh tokoh pendatang dari Desa Pulutan telah berhasil mendirikan sebuah masjid yang diberi nama Darussalam dengan sebuah bangunan kecil sebagai tempat pemondokan bagi para santri yang akan belajar kepadanya. Masjid ini didirikan di pinggiran desa, seakan terpisah dari pemukiman warga pada waktu itu, walaupun sekarang sudah menyatu dengan masyarakatnya, dan pendidikan yang diselenggaakanyapun masih sederhana, belum sampai terbentuk semacam lembaga pendidikan tetapi terkesan natural.
Pada awalnya, pendidikan keagamaan ini hanya berpusat di masjid Darussalam yang ditangani oleh Bapak Kyai Sholeh. Pendidikan tersebut berlangsung hingga tahun 70-an, sebab setelah beliau meninggal tidak ada keturunannya langsung yang mau meneruskan perjuangannya dan tidak ada tokoh lokal yang meneruskan misi dan perjuangannya. Setelah itu, proses pendidikan di Darussalam agak tersendat, dalam masa kevakuman ini selang beberapa waktu, munculah kiai Sukemi yang merupakan tokoh lokal yang diminta oleh masyarakat setempat dan diharapkan mampu untuk meneruskan misi dan perjuangan pendidikan ini. Pendidikan pesantren ini dapat berjalan kembali seperti kepemimpinan Kiai Sholeh. Kemudian muncullah KH. Mahfudz Ridwan, tokoh dari pulutan yang merupakan alumni dari beberapa pesantren ternama sekaligus alumni dari Universitas di Baghdad. Setelah Kyai Sukemi meninggal, maka pendidikan Darussalam diteruskan oleh KH. Mahfudz Ridwan.
Pada tahun 1984 KH.Mahfudz Ridwan bersama beberapa tokoh lokal lainnya seperti Matori Abdul Jalil mendirikan yayasan yang bernama Yayasan Desaku Maju dengan catatan notaris nomor 14/1984. Yayasan ini merupakan yayasan yang bergerak di bidang sosial yang mengamban misi dan tujuan membantu pemerintah untuk meningkatkan tingkat kesejahteraan masyarakat pedesaan dan mengembangkan swadaya serta sumber daya manusia khususnya masyarakat pedesaan. Yayasan ini cukup familiar bagi warga Salatiga, karena merupakan satu-satunya yayasan Islam yang bergerak di bidang kemasyarakatan.
Pada akhir tahun 1989 tepatnya pada tanggal 26 Desember 1989, KH. Mahfud Ridwan mendirikan pesantren yang lebih akrab disebut Wisma Santri Edi Mancoro dibawah “Yayasan Desaku Maju” sebagai pusat pendidikan masyarakat khususnya bagi masyarakat setempat sekaligus sebagai basecamp berbagai kegiatan.
Sejak saat itu keadaan pesantren terus berkembang. Yayasan ini pun dikenal luas di Salatiga, Kabupaten Semarang, dan sekitarnya. Program-programnya telah berhasil membuat perubahan yang sangat signifikan, khususnya memecahkan permasalahan antar umat beragama. Kemudian, karakter pesantren yang pluralis dan terbuka untuk siapa saja termasuk untuk orang non Islam membawa nama pesantren ini sangat terkenal hingga luar negeri. Bahkan banyak kunjungan dari berbagai negara hingga saat ini.
Pada akhir tahun 2007, nama Pondok Pesantren Edi Mancoro telah resmi menggantikan nama Wisma Santri Edi Mancoro dengan tetap menjaga prinsip pluralisme dan keterbukaan dengan umat non Muslim sebagai bentuk terciptanya konsep Islam Rahmatan lil’alamin.
Ada sebuah pertanyaan yang menarik sering ditanyakan oleh siapapun yang berkunjung ke pesantren ini. Kenapa pesantren diberi nama EDI MANCORO? Yang merupakan sebuah nama yang meggunakan Bahasa Jawa. Dimana jika melihat nama-nama pesantren lainnya menggunakan bahasa Arab atau istilah-istilah Islam.
Menurut penuturan KH.Mahfud Ridwan sebelum meninggal (Pengasuh Pondok Pesantren Edi Mancoro), “Nama Edi Mancoro itu sebenarnya nama yang diusulkan untuk nama anak saya, jika suatu saat nanti saya punya anak laki-laki lagi. Akan tetapi beliau tidak punya anak laki-laki lagi maka menjadi nama pesantren ini. Edi Mancoro artinya Edi adalah bagus atau elok dan Mancoro kira-kira berarti bersinar. Diharapkan kelak pesantren ini menjadi pondok pesantren yang bagus dan bersinar di seluruh penjuru dunia.