Proses kegiatan belajar mengajar di Pondok Pesantren Edi Mancoro dikelola oleh lembaga yang bernama Kuliyyatu ad-dirasah al-islamiyah wal-ijtima’iyyah (KDII). Metode yang digunakan oleh KDII dalam menjalankan kegiatan belajar mengajar yaitu dengan tiga metode dasar yang pada umumnya digunakan di berbagai macam pesantren meliputi, bandongan, sorogan, dan musyawarah.
Satu tahun pelajaran terbagi menjadi dua periode atau semester yaitu ganjil dan genap. Kegaiatan belaja mengajar terbagi menjadi 4 kelas, yaitu Khos, Awaliyah, Wustho, dan Ulya. Mata pelajaran yang dikaji meliputi fiqh, nahwu, sorof, tarikh, tauhid, bahasa arab dan tajwid. Untuk mengevaluasi hasil pembelajaran dan menentukan kenaikan kelas, diadakan ujian yang dilaksanakan setiap akhir semester.